RNA-seq是现如今科研界使用最为广泛的高通量测序技术之一，不论是在解析物种的转录本、研究目标基因的功能、挖掘疾病的分子机制，还是探索药物的作用机理方面，都有RNA-seq的“身影”。对于这样一种发展应用十分成熟的测序技术，想要单纯的借助它发表IF＞5分的高水平文章几乎不可能了，这是技术成熟所带来的弊端。那么，现如今转录组测序如何发表高分文章呢？
纵观近年突出重围、斩获佳绩的转录组高分文章可以发现，虽然每篇文章的实验设计、研究内容有所不同，但核心研究思路是相似的，主要分为两大类：第一类是转录组测序＋分子实验验证，这也是组学研究的经典套路；另一种是多组学贯穿分析，例如转录组＋蛋白组、转录组＋翻译组、转录组＋代谢组、转录组＋表观组以及转录＋蛋白＋代谢等，通过联合运用多个组学技术，从多个层面挖掘表型相关数据，贯穿分析机制解析更加透彻。接下来我们以基迪奥合作客户发表的系列转录组高分文章为例，解析一下这两大类转录组高分研究思路的应用~“转录组＋分子实验”高分案例1英文题目：Formononetinamelioratesoxaliplatin-inducedperipheralneuropathyviatheKEAP1-NRF2-GSTP1axis
中文题目：芒柄花素通过KEAP1-NRF2-GSTP1轴改善奥沙利铂诱导的周围神经病变
合作单位：南京中医药大学
发表期刊：RedoxBiology
影响因子：9.
发表时间：年9月
周围神经病变（OIPN）是抗癌药物的主要剂量限制因素，如化疗药物奥沙利铂（OHP）在治疗癌症过程中会引起OIPN，这一副作用影响了奥沙利铂的治疗效果。因此，寻找在保持药物抗癌活性的同时限制其神经*性的疗法具有重要意义。芒柄花素（FN）作为天然药物提取物异*酮，具有很好的抗癌疗效，但具体作用机制尚不清楚。该研究通过检测FN处理前后小鼠神经细胞ND7/23转录本差异，揭示了FN通过激活KEAP1-NRF2-GSTP1通路缓解了由OHP引起的神经细胞损伤，并发现了FN是通过选择性地与KEAP1蛋白BTB结构域的His和Lys位点结合发挥作用，小鼠体内实验也表明了FN在OHP治疗过程中的有效保护作用。该研究为临床上OIPN的防治提供了新的潜在的解决方案。图1A)FN作用后NRF2通路下游的GSTP1基因显著高表达；B)免疫荧光显示FN与KEAP1蛋白结合，激活NRF2信号通路，FN＋OHP共同作用时NRF2激活更显著文章运用了大量的分子实验，包括前期的细胞活力、免疫组化、westernblot、qPCR检测，以及后期药物分子靶标鉴定，动物实验等。而转录组研究在整篇文章中起到了一个承上启下的作用，承上是指基于前期分子实验探索表型，借助转录组技术揭示表型变化背后的分子机制；启下是指基于转录组分析结果为后续研究提供方向，最终完整解析并验证表型变化机制。这种基于实验/临床发现，借助转录组技术展开详细研究，最终利用分子实验验证的策略，广泛应用于药物筛选、疾病损伤、基因功能研究领域。2英文题目：Multipletranscriptomicprofiling:p53signalingpathwayisinvolvedinDEHP-inducedprepubertaltesticularinjuryviapromotingcellapoptosisandinhibitingcellproliferationofLeydigcells
中文题目：DEHP通过p53信号通路介导青春期前的睾丸损伤
合作单位：重庆医院
发表期刊：JournalofHazardousMaterials
影响因子：9.
发表时间：年10月
邻苯二甲酸二（2-乙基己基）酯（DEHP）是一种广泛使用的增塑剂，长期以来被认为是一种内分泌干扰化学物质，具有男性生殖*性，在青春期前暴露于DEHP环境中可能导致广泛的睾丸损伤，但其潜在的损伤机制尚不清楚。该研究选取出生3-5周龄雄性小鼠以不同浓度的DEHP（0,,mg/kg-bwd）灌胃，构建睾丸损伤模型；同时分离TM3睾丸间质细胞以不同浓度的MEHP（DEHP的活性代谢产物；0,,,,uM）处理12-48h；对睾丸组织和间质细胞进行了转录组学分析，研究结果显示，DEHP通过激活p53信号通路介导青春期前的睾丸损伤，并经流式和WB实验验证了这一作用机制。图2DEHP通过p53信号通路介导青春期前的睾丸损伤上一篇文章中，我们总结到基于实验/临床发现，借助转录组技术展开详细研究，最终利用分子实验验证的策略，而这篇文章就是这一策略在疾病损伤中的应用范例。作者首先通过分子实验观察到DEHP处理前后小鼠睾丸组织表型变化；然后借助转录组技术展开研究DEHP处理前后睾丸组织转录本变化，通过组间差异分析挖掘表型相关基因；最后利用分子实验验证组学推断结果。3英文题目：TheCD39positivehepatitisBvirussurfaceprotein(HBVs)-targetedCAR-Tandpersonalizedtumor-reactiveCD8＋Tcellsexhibitpotentanti-hepatocellularcarcinoma(HCC)activity
中文题目：一种抗肿瘤活性T细胞新的标志物分子CD39
合作单位：医院
发表期刊：MolecularTheapy
影响因子：8.
发表时间：年1月
CD39由肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）表达，是鉴别肿瘤反应性T细胞的标志物，在各种恶性肿瘤中，肿瘤反应性T细胞通常比旁观者T细胞具有更强的抗肿瘤活性。因此，作者推测CD39与T细胞效应功能有关，可能影响CAR-T和个性化肿瘤反应性CD8＋T细胞的细胞*性效率。基于此作者首先构建了靶向乙肝病*表面蛋白（HBVs）的CAR-T细胞，并利用流式分选获得CDa＋HBVs-CAR-T细胞和CDa﹣HBVs-CAR-T细胞，转录组分析发现CD39以及免疫检查点分子PD-1、Tim-3、Lag-3在肿瘤杀伤活性T细胞（CDa＋HBVs-CAR-T）中明显高表达；细胞实验和小鼠实验显示CD39＋HBVs-CAR-T细胞具有很强的免疫杀伤力，并且靶向抑制免疫检查点PD-1、Tim-3、Lag-3的表达，可以显著增强CD39＋HBVs-CAR-T细胞杀伤力。图3A)转录组分析显示CD39在CDa＋HBVs-CAR-T中显著高表达；B)免疫荧光显示PLT-CD39＋HBVs-CAR-T细胞免疫杀伤力最强，其次是CD39＋HBVs-CAR-T细胞这篇文章是以上研究策略在基因功能研究中的应用。作者首先基于临床数据获得目标研究基因，然后借助转录组技术分析目标基因功能，最终利用分子实验对功能进行了验证，这也是基因功能研究类文章经典的组学研究套路。4英文题目：H3K27acetylationactivated-COL6A1promotesosteosar